舞台是在某个国家的某个地区莫斯特城市。 在陈旧大楼的二楼有一家发行《月刊妄想科学》的小出版社。 《月刊妄想科学》是一本异想天开，报道“真是吓人一跳！”的事件、即使是科学家也会发出“要不行啦！”声音的超科学现象的科学杂志。 工作人员只有帅哥主编兼编辑的塔罗·J·铃木。再加上小学生助手吉罗·田中和狗狗三郎。 编辑部一直是空的，塔罗、吉罗和三郎都沉浸在同一栋大楼1F的咖啡馆《岩石（ROCK）》中。 有一天，科学家戈洛·佐藤前来咨询，由此开始了一个异想天开的故事……。
故事发生在明治四十年（1907 年）在京都伏见居住的百川稻子什么都不擅长，每天都被父亲责骂，对于她来说的救赎就是祈祷神佛，某天一如往常她前往伏见稻荷神社参拜神明，遇到了一位自由奔放的少年坂本喜八，坂本。
「魔法少女――それは強くて、格好良くて、しなやかで。誰もが憧れて、高給取りで、人気が高い、立派なひとつの職業だ」 内定がもらえず就職活動に苦戦中の女子大生?桜木カナ。 「自分は社会に必要とされていない」と自信を喪失していた彼女は、 ある日、面接先で“怪異”と呼ばれる自然災害に巻き込まれてしまう。 その窮地を救ってくれたのは、ヤンキー気質の魔法少女?越谷仁美――。 持ち前の記憶力で、“怪異”と戦う越谷を手助けしたカナは、 魔法少女としての才能を見出され、ベンチャー企業?株式会社マジルミエに新卒入社！ 人の命と仕事への責任を胸に抱き、社会人として、そして魔法少女としての一歩を踏み出すのだった――
