小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
拥有健全感性的善良人市川京太郎，对位于食物链顶点的美少女山田杏奈在意得不得了。通过观察发现山田意外的一面…!? 虽然完全不知道在想什么不过非常贪吃，不如说除了吃根本什么都没在想，简直是个脑袋空空的人型母猪。理应不会缩短的两人间的距离，奇迹会发生吗!? 就这样京太郎的青春，正非常安静地发生变化……
子之一族掀起的叛乱善后工作终于告一段落，猫猫也重新回到了花街，过起身为药师的日常生活。 某天，绿青馆端上的一顿早饭让猫猫察觉到了一丝“异样”，于是她开始追查这份违和感的真相。 另一方面，壬氏公开了自己真正的身份——皇弟，并开始直面与这一身份相伴的责任。 然而，楼兰最后托付给他的“国家即将遭受灾害的征兆”，却始终令他忧心不已。 与此同时，关于一名蛊惑人心的神秘仙女的传闻也开始四处流传，阴影再次笼罩茘国。 故事的舞台将从后宫扩展至市井，甚至延伸到邻国，而新的考验，也正在等待着猫猫与壬氏。
故事描绘了20XX年，突如其来的“通往异世界的门”在东京银座出现，从中涌出来了大量怪物和军队。而陆上自卫队在击退它们的同时，还赶赴了门另一边的“特区”。于是，担任了第叁侦察队指挥的二等陆卫的宅男伊丹耀司，与帮助被巨大炎龙袭击的村民们时，与精灵、魔导师和亚神等异世界的美少女们之间产生了奇妙的交流.
