随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
日本东北地区的某座深山里，国中生小町在一间祭拜熊的神社中，担任巫女的重责大任。有一天，小町对监护人，也就是名为那津的熊说：“我想去念都市的高中。”为了能够让不经世事的小町，拥有在都市中生活的基本能力，那津展开了一连串的试炼，要求小町通过考验。
在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护， 被卷入死在现世的魂魄所聚集的地方——尸魂界的动乱中，在激烈的战斗中 和同伴一起也成长了很多。 因为一护的生活，所生活的空座町发生了异变。 新的死神和新的敌人的出现，以及呼救声。 一护再次拿起斩魄刀，踏上战场。 另一方面，在尸魂界观测到现世中的虚突然连续消失 被引导到这片土地的灵魂所生活的流魂街居民们发生了失踪 并且死神们驻守的灵屋?瀞灵廷被贼军袭击。 贼军的真实身份是灭却师始祖?友哈巴赫所率领的“无形帝国”。 “无形帝国”向死神们宣战。 5天后，尸魂界被“无形帝国”歼灭 历经千年之久死神们所背负的因缘。 那个宿命和隐藏的真相终于被揭开。 一切都走向终结。 黑崎一护，最后的战斗开始了——
